Antes da classificação como monumento nacional, o Mosteiro foi objecto de obras de conservação, segundo relatório da DGEMN.
Improvisação ao longo da nave, de uma abóbada de madeira (tosco revestimento de tabuado onde se fez um dispêndio de tinta azul e amarela); existência de um coro (séculos XVII e XVIII) “para seguro encaixe do seu poderoso vigamento, mutilou-se profundamente a cantaria das paredes próximas e ainda se sacrificou, por míngua de engenho construtivo, a parte superior da porta”.
Rebocaram-se as paredes e a abóbada da capela-mor; existência de um altar-mor; na nave, presença de quatro altares; para exibição de uma imagem muito antiga do padroeiro da igreja, São Pedro, destruiu-se o vértice da empena sobranceira ao pórtico, para além de estragos provocados pela abertura de uma porta destinada a facultar o pronto acesso ao coro; “da rosácea que ornava a parede posterior do templo, sobre o alto arco da capela-mor, nada mais restava que um rombo circular, aberto, sem nenhuma defesa à chuva e ao vento”; tinha sido levantado, num dos flancos da abside, do lado norte, “um edifício de escassa altura mas de larga planta, que ocupava uma parede considerável do adro”; existia uma porta sob o arco da parede sul, rompendo uma escada de acesso, com degraus de pedra, ao campanário, a qual foi entaipada, substituindo-se a escada por uma outra, exterior, ao longo da fachada sul, até à empena sineira.
Após a classificação, o Mosteiro sofreu intervenções já da responsabilidade da DGEMN, a primeira das quais a demolição do coro que obstruía a nave e encobria parte da porta principal.
Em 1930, foram apeados o altar-mor e todos os outros quatro altares existentes na nave; desentaipou-se o pórtico; apeou-se o púlpito de construção moderna; demoliu-se a escada exterior improvisada junto da fachada sul, desobstruiu-se a primitiva escada, bem como a respectiva porta; procedeu-se ao rebaixamento e lajeamento de todo o chão da nave e capela-mor, incluindo a construção dos degraus que ali separam os dois corpos do edifício, bem como ao rebaixamento geral do pavimento do nártex e de todo o adro.
Nessa mesma época, deu-se início aos trabalhos de desmonte e reconstrução de toda a armação do telhado, em ruína, e do tecto abobadado de madeira com que fora recoberta a nave; construiu-se e assentou-se o novo telhado e consolidou-se a abóbada e cornija da capela-mor, além de se ter substituído a cobertura antiga por uma nova, de telha nacional dupla.
No ano de 1933, efectuou-se a construção de um altar de pedra, maciço, com utilização de elementos primitivos encontrados durante as obras e reconstituiu-se duas frestas molduradas da capela-mor, que tinham sido alargadas para obtenção de maior luminosidade.
No ano seguinte, procedeu-se à demolição de oito janelões que foram substituídos pelas frestas primitivas, com recurso a elementos encontrados durante as obras.
Em 1936, o anexo que fora construído na fachada norte, junto da abside, foi demolido, substituído por um outro de planta mais pequena; as cantarias lisas mutiladas das paredes interiores e exteriores da igreja foram substituídas; as portas exteriores foram construídas e assentadas; e colocaram-se vitrais coloridos, com armação de chumbo.
Antes do entaipamento da porta que fora aberta na fachada principal para acesso ao coro, efectuado em 1950, repararam-se os degraus primitivos da porta principal, demoliu-se uma parte das paredes do nártex que ocultava o ábaco esculpido do pórtico principal, no qual se colocou o tímpano e os cachorros que o sustentam.
Entre 1950 e 1952, a imagem do padroeiro São Pedro foi restituída ao seu lugar original, na capela-mor, procedendo-se à reconstituição da empena da parede suplementar onde se abre o pórtico principal. Naquele último ano, efectuou-se a limpeza e reparação ligeira dos telhados.
Nesta mesma época, terá sido demolida a parede de silharia que entaipava o primitivo pórtico da fachada norte, reconstituíram-se os degraus do mesmo pórtico e substituiu-se a pedra inferior do respectivo tímpano.
Foram ainda reconstruídos a soleira e os degraus da porta da fachada sul, que haviam desaparecido, reconstituiu-se a rosácea da parede posterior da nave, sob o arco triunfal, e procedeu-se à limpeza geral das argamassas que encobriam a silharia da nave, das paredes e da abóbada da capela-mor.
Ainda em 1952, foi efectuada a limpeza e reparação ligeira dos telhados. Provavelmente em data anterior, procedeu-se à construção e assentamento de uma cruz terminal na empena posterior da nave, depois de ser apeada e reconstituída a mesma empena.
Década e meia depois, repararam-se as ferragens das portas exteriores, limparam-se as coberturas e pintaram-se as portas exteriores de madeira com tinta de óleo. Foram ainda executados trabalhos de limpeza geral dos telhados com substituição de telhas partidas e em falta, bem como a reparação de rufos e vedações.
A cobertura sofreu obras de arranjo, em 1986, ano em que se executou uma valeta junto ao muro para impedir infiltrações de água. A cobertura foi reparada em 1989, e a da capela-mor foi objecto de uma intervenção em 1996, a par da revisão do telhado da nave, da instalação eléctrica e das carpintarias.
Já em 2000, realizaram-se obras de conservação da sacristia, nomeadamente a execução de um novo tecto em madeira de castanho, a execução e aplicação de vitrais nos vãos e a colocação de uma bica de abastecimento de água para a pia de granito existente.
Finalmente, em 2004, procedeu-se à conservação geral do imóvel, incluindo a revisão geral das coberturas da nave, capela-mor e sacristia; a conservação geral dos paramentos exteriores e interiores e dos vãos exteriores; a conservação do campanário; e a reformulação da instalação eléctrica do interior da igreja e do campanário.